指揮とは
指揮とは、「委任本部」で「士官」を任命し、資源の生産量や、施設の建造時間などのバフ効果を得ることです。バフ効果は

士官の星ランクの合計
・任命士官の組み合わせ

のどちらかが条件を満たしていれば獲得できます。そのため、士官の星ランクをあげて、比較的簡単な合計値の条件を満たしましょう。

指揮の仕方
委任本部をタップ
「委任本部」をタップし、指揮アイコンをタップしましょう。指揮の役職は司令官レベルを上げることで解放されるため、バッドトイを攻撃するか、経験値アイテムを消費して司令官レベルをあげておきましょう。

役職を選んで任命
指揮ページを開いたら役職を選んで士官を任命しましょう。「委任」とは違い、どの士官でも任命することができます。そのため、バフ効果が得られるよう、星ランクの合計に注意しながら任命しましょう。
また、組み合わせでバフ効果が得られる士官には、アイコンの右上に特殊なマークが出るため、どの士官を任命するか迷った場合、マークの出ている士官を任命しましょう。

また、各官職に特定の士官を任命すると、追加ボーナスを開放できます。

士官任命
一人の士官は一つだけの官職に任命できます、重複任命はできません。
官職に任命しても、部門に委任や出兵することも可能です。

官職レベルアップ
士官は勲功を消費してレベルアップすることができます。官職のバフ効果をアップさせます。

官職解禁
司令官のレベルをアップすることにより、官職を解禁できます。